Juillet 2015, un jeune homme de 17 ans, Kamina Ayato, vit à Tôkyô. Dut a un énorme cataclysme planétaire, cette ville reste la seule enclave de la Terre vivable. Artiste en herbe, il ne cesse de peindre une jeune fille au bord de la mer qu'il a cru connaître dans le passé.
Toute sa vie se résumé à cela jusqu'au jour ou...un mystérieux ennemi attaque Tôkyô se heurtant à la défense de la ville composée d'étranges appareils appelés Dolem.
Dans le chaos du combat, le jeune homme rencontre une ancienne camarade de classe, Mishima Reika, disparue il y a quelques temps de son école et ressemblant étrangement a la jeune fille de son tableau. Du moins c'est ce qu'il croit. Attiré inconsciemment par Mishima Reika celle ci le guidera vers une salle gigantesque remplie d'eau qui n'est t'autre que la chambre de l'immense Xephon, un « robot » qui semble réagir à la présence d'Ayato au fur et à mesure qu'il s'en approche. Une fois en face de ce géant, Ayato, choqué, tombera inconscient. Mishima Reika se mettra soudainement à chanter... C'est alors qu'Ayato prononcera « RAH...XEPHON »
Puis à son réveil tout sera redevenu normal sauf qu'Ayato sent que quelque chose de bizarre est arrivé, des bribes de souvenirs lui reviennent. Il rencontrera cette femme, Shitow Haruka qui l'aidera au moment opportun et qui lui proposera alors de lui révéler toute la vérité sur son monde...
Attiré une nouvelle fois par le Xephon alors qu'il allait s'enfuir avec Haruka, il arrivera cette fois-ci à se synchroniser avec le géant et arrivera a s'enfuir de Tôkyô et découvrira en même temps l'étrange vérité : On lui a menti toutes ses années en lui disant que Tôkyô était la dernière enclave de la Terre et sa mère, Kamina Maya semble liée à ce mensonge comme cet étrange sang bleu à ces veines.
En effet, haruka lui expliquera une fois sortie de Tôkyô qu'un énorme mur indestructible et pratiquement impénétrable ressemblant à Jupiter s'est formé au moment du cataclysme planétaire quelques années plutôt, la ville est maintenant appelée : Tôkyô-Jupiter.
De plus, un autre évènement de taille attend Kamina Ayato. En effet, Il apprend curieusement que le temps en dehors de son monde s'écoule six fois plus vite et qu'il se retrouve donc en décembre 2027. La jeune femme fait partie de TERRA, l'alliance défendant la Terre contre ces ennemis, les Dolems, envoyés par les Muliens.
En parti perdu et déboussolé, Ayato sera accueilli dans la maison de Rikudo Shôgo, l'oncle d'Haruka et de Megumi Shitô, la s½ur de celle-ci. Il habite sur l'île de Nirai Kanai.
Ayato ne peut faire qu'une seule chose en arrivant dans ce nouveau monde inconnu pour lui. S'adapter et piloter le Xephon, seule et unique ligne de défense contre les Dolem envoyés par Mu.
Au fur et a mesure de l'histoire, il liera des relations d'amitié avec beaucoup de personnes appartenant à TERRA comme son commandant Jin Kunugi, le commandant adjoint Yagumo Sôichi qui semble être celui le plus semblable à Ayato, Kisaragi Itsuki responsable scientifique qui sembla avoir été proche d'Haruka dans le passé ou Elvy Hadhiyat la capitaine de l'escadrille volante de l'organisation.
D'autres personnes, plus mystérieuses, sembleront partager le même destin qu'Ayato comme Kisaragi Quon, fausse s½ur adoptive de Kisaragi Itsuki, jouant un rôle essentiel au sein de TERRA.
Ayato devra lutter contre de nombreux Dolems et de problèmes, toujours épaulé par Haruka qui semble se lier de plus en plus à lui malgré le fait qu'elle soit de douze ans son aîné.
Quand il décide de retourner chez lui a Tôkyô-Jupiter pour pouvoir enfin choisir quelle est sa vraie vie, le monde de dehors avec Haruka ou celui de Tôkyô-Jupiter avec sa mère, Haruka tente de s'interposer et laisse éclater au grand jour une part de ses sentiments pour le jeune homme. Malgré avoir pleinement accepter les sentiments d'Haruka, Ayato décide tout de même de partir avec Kisaragi Quon qui semble avoir à faire aussi de l'autre coté du mur.
Il ne restera pas longtemps à l'intérieur de Tôkyô-Jupiter, le temps pour lui de confirmer certaines chose : l'identité de l'ennemi, sa mère, et ce que sont les muliens, ces êtres au sang bleu qui semblent venir d'un autre monde...dont il fait partie.
Entre temps Haruka et Elvy se sont lancés à la poursuite d'Ayato après en avoir reçu l'ordre mais elles le louperont de peu alors qu'il repartira vers l'extérieur du mur avec une amie avec lui, Hiroko Asahina.
A l'extérieur, Ayato veut se donner du temps pour réfléchir à son avenir mais aussi fuir les gens qu'il connaît et surtout Haruka car il ne sait comment affronter son regard. Asahina découvrira avec effroi qu'elle a le sang bleu et suite à cette tragédie, Ayato la tuera sans le vouloir.
Après cet évènement marquant pour lui, Kamina Ayato sera récupéré par la Fondation Barbem, sponsor principal de TERRA, de but inconnu.
Haruka ne sait plus quoi faire pour aider son amour. Entre temps Ayato apprend que Shitow Haruka n'est pas son vrai nom, mais celui de son demi-pere. Son ancien nom était Mishima.
Enfin il aura réponses à ses nombreuses questions. Il est en fait un Interprète du Xephon. Un être capable de synchroniser le monde, grâce au Xephon, un monde qui part à la dérive depuis des milliers d'années. Kisaragi Quon en est une aussi et l'avenir du monde sera décidé par l'une des volontés de ces deux Interprètes.
Pour cela, Ayato doit définitivement désirer Ishitori, l'âme du Xephon aussi vu tout le long de l'histoire sous les traits de Mishima, pour devenir, enfin, le RahXephon (Il est aussi important qu'Ishitori prend l'apparence d'Ayato pour Kisaragi Quon). Mais cela veut aussi dire qu'il perdra son corps de chair et de sang. Convaincu de pouvoir arranger tout cela et surtout pour pouvoir protéger la femme qu'il aime sans perdre son humanité il décide donc de faire ce dernier pas et de se synchroniser avec Ishitori.
Avant de partir, Haruka décide de tout lui dire, qu'il ce sont connus et se sont aimés étant jeunes et qu'ils ont été séparés au moment de la création de Tôkyô-Jupiter. Ne l'ayant jamais oublié, elle vécut seule dans l'espoir de revoir un jour son tendre Ayato. De son côté, Ayato ne pouvait s'en souvenir du fait que sa mémoire fut effacée pour mieux être contrôlé par MU. Même s'il ne se souvient pas de leur passé commun, Ayato aime la présente haruka et cela lui suffit amplement, lui prouvant d'autant plus en l'embrassant, mettant un terme au calvaire sentimental d'Haruka.
Apres des aux revoir très simple et pleins de promesse, Haruka part se réfugié tandis qu'Ayato appelle Ishitori pour se synchroniser et enfin devenir RahXephon.
Le dernier combat est sanglant, beaucoup de gens meurent et les abords du Japon entier sont complètement dévastés par les rafales d'énergie et de son des deux Interprètes synchroniser avec leur Xephon respectif.
Un combat psychologique prend place entre les deux tandis qu'Haruka, encore une fois, ne peut s'empêcher de voler jusqu'à Ayato avec un avion pour le voir une dernière fois. En arrivant devant le géant RahXephon dont les traits du visage ressemble étrangement a celui d'Ayato, une rafale d'énergie détruit le vaisseau d'Haruka.
Sauvé in extremis par Kamina Maya qui se rend compte alors que son fils Kamina Ayato n'a finalement jamais oublié son premier amour, Haruka, elle décide donc de l'aider à retrouver l'homme qu'elle aime alors qu'il lutte toujours pour s'imposer.
Une fois qu'Ayato se rend compte à quel point il aime Haruka et qu'elle lui manque tellement, il décide de faire l'effort final le menant à dominer définitivement ce combat titanesque et donc de pouvoir synchroniser le monde de nouveau, ce qui équivaut à le recréer selon sa volonté...
L'épilogue est entendu, le squelette du Xephon en peinture, Haruka et Ayato marié avec un enfant nommé Quon. La vie semble avoir reprit son court normal comme si rien ne c'était passé. Seul Ayato connaît la seule réponse importante, redessinant sans cesse la même peinture d'une jeune fille au bord de la mer sur l'île de Nirai Kanai, la ou il rencontra Mishima Haruka et ou ils se sont aimés pour la première fois...
Toute sa vie se résumé à cela jusqu'au jour ou...un mystérieux ennemi attaque Tôkyô se heurtant à la défense de la ville composée d'étranges appareils appelés Dolem.
Dans le chaos du combat, le jeune homme rencontre une ancienne camarade de classe, Mishima Reika, disparue il y a quelques temps de son école et ressemblant étrangement a la jeune fille de son tableau. Du moins c'est ce qu'il croit. Attiré inconsciemment par Mishima Reika celle ci le guidera vers une salle gigantesque remplie d'eau qui n'est t'autre que la chambre de l'immense Xephon, un « robot » qui semble réagir à la présence d'Ayato au fur et à mesure qu'il s'en approche. Une fois en face de ce géant, Ayato, choqué, tombera inconscient. Mishima Reika se mettra soudainement à chanter... C'est alors qu'Ayato prononcera « RAH...XEPHON »
Puis à son réveil tout sera redevenu normal sauf qu'Ayato sent que quelque chose de bizarre est arrivé, des bribes de souvenirs lui reviennent. Il rencontrera cette femme, Shitow Haruka qui l'aidera au moment opportun et qui lui proposera alors de lui révéler toute la vérité sur son monde...
Attiré une nouvelle fois par le Xephon alors qu'il allait s'enfuir avec Haruka, il arrivera cette fois-ci à se synchroniser avec le géant et arrivera a s'enfuir de Tôkyô et découvrira en même temps l'étrange vérité : On lui a menti toutes ses années en lui disant que Tôkyô était la dernière enclave de la Terre et sa mère, Kamina Maya semble liée à ce mensonge comme cet étrange sang bleu à ces veines.
En effet, haruka lui expliquera une fois sortie de Tôkyô qu'un énorme mur indestructible et pratiquement impénétrable ressemblant à Jupiter s'est formé au moment du cataclysme planétaire quelques années plutôt, la ville est maintenant appelée : Tôkyô-Jupiter.
De plus, un autre évènement de taille attend Kamina Ayato. En effet, Il apprend curieusement que le temps en dehors de son monde s'écoule six fois plus vite et qu'il se retrouve donc en décembre 2027. La jeune femme fait partie de TERRA, l'alliance défendant la Terre contre ces ennemis, les Dolems, envoyés par les Muliens.
En parti perdu et déboussolé, Ayato sera accueilli dans la maison de Rikudo Shôgo, l'oncle d'Haruka et de Megumi Shitô, la s½ur de celle-ci. Il habite sur l'île de Nirai Kanai.
Ayato ne peut faire qu'une seule chose en arrivant dans ce nouveau monde inconnu pour lui. S'adapter et piloter le Xephon, seule et unique ligne de défense contre les Dolem envoyés par Mu.
Au fur et a mesure de l'histoire, il liera des relations d'amitié avec beaucoup de personnes appartenant à TERRA comme son commandant Jin Kunugi, le commandant adjoint Yagumo Sôichi qui semble être celui le plus semblable à Ayato, Kisaragi Itsuki responsable scientifique qui sembla avoir été proche d'Haruka dans le passé ou Elvy Hadhiyat la capitaine de l'escadrille volante de l'organisation.
D'autres personnes, plus mystérieuses, sembleront partager le même destin qu'Ayato comme Kisaragi Quon, fausse s½ur adoptive de Kisaragi Itsuki, jouant un rôle essentiel au sein de TERRA.
Ayato devra lutter contre de nombreux Dolems et de problèmes, toujours épaulé par Haruka qui semble se lier de plus en plus à lui malgré le fait qu'elle soit de douze ans son aîné.
Quand il décide de retourner chez lui a Tôkyô-Jupiter pour pouvoir enfin choisir quelle est sa vraie vie, le monde de dehors avec Haruka ou celui de Tôkyô-Jupiter avec sa mère, Haruka tente de s'interposer et laisse éclater au grand jour une part de ses sentiments pour le jeune homme. Malgré avoir pleinement accepter les sentiments d'Haruka, Ayato décide tout de même de partir avec Kisaragi Quon qui semble avoir à faire aussi de l'autre coté du mur.
Il ne restera pas longtemps à l'intérieur de Tôkyô-Jupiter, le temps pour lui de confirmer certaines chose : l'identité de l'ennemi, sa mère, et ce que sont les muliens, ces êtres au sang bleu qui semblent venir d'un autre monde...dont il fait partie.
Entre temps Haruka et Elvy se sont lancés à la poursuite d'Ayato après en avoir reçu l'ordre mais elles le louperont de peu alors qu'il repartira vers l'extérieur du mur avec une amie avec lui, Hiroko Asahina.
A l'extérieur, Ayato veut se donner du temps pour réfléchir à son avenir mais aussi fuir les gens qu'il connaît et surtout Haruka car il ne sait comment affronter son regard. Asahina découvrira avec effroi qu'elle a le sang bleu et suite à cette tragédie, Ayato la tuera sans le vouloir.
Après cet évènement marquant pour lui, Kamina Ayato sera récupéré par la Fondation Barbem, sponsor principal de TERRA, de but inconnu.
Haruka ne sait plus quoi faire pour aider son amour. Entre temps Ayato apprend que Shitow Haruka n'est pas son vrai nom, mais celui de son demi-pere. Son ancien nom était Mishima.
Enfin il aura réponses à ses nombreuses questions. Il est en fait un Interprète du Xephon. Un être capable de synchroniser le monde, grâce au Xephon, un monde qui part à la dérive depuis des milliers d'années. Kisaragi Quon en est une aussi et l'avenir du monde sera décidé par l'une des volontés de ces deux Interprètes.
Pour cela, Ayato doit définitivement désirer Ishitori, l'âme du Xephon aussi vu tout le long de l'histoire sous les traits de Mishima, pour devenir, enfin, le RahXephon (Il est aussi important qu'Ishitori prend l'apparence d'Ayato pour Kisaragi Quon). Mais cela veut aussi dire qu'il perdra son corps de chair et de sang. Convaincu de pouvoir arranger tout cela et surtout pour pouvoir protéger la femme qu'il aime sans perdre son humanité il décide donc de faire ce dernier pas et de se synchroniser avec Ishitori.
Avant de partir, Haruka décide de tout lui dire, qu'il ce sont connus et se sont aimés étant jeunes et qu'ils ont été séparés au moment de la création de Tôkyô-Jupiter. Ne l'ayant jamais oublié, elle vécut seule dans l'espoir de revoir un jour son tendre Ayato. De son côté, Ayato ne pouvait s'en souvenir du fait que sa mémoire fut effacée pour mieux être contrôlé par MU. Même s'il ne se souvient pas de leur passé commun, Ayato aime la présente haruka et cela lui suffit amplement, lui prouvant d'autant plus en l'embrassant, mettant un terme au calvaire sentimental d'Haruka.
Apres des aux revoir très simple et pleins de promesse, Haruka part se réfugié tandis qu'Ayato appelle Ishitori pour se synchroniser et enfin devenir RahXephon.
Le dernier combat est sanglant, beaucoup de gens meurent et les abords du Japon entier sont complètement dévastés par les rafales d'énergie et de son des deux Interprètes synchroniser avec leur Xephon respectif.
Un combat psychologique prend place entre les deux tandis qu'Haruka, encore une fois, ne peut s'empêcher de voler jusqu'à Ayato avec un avion pour le voir une dernière fois. En arrivant devant le géant RahXephon dont les traits du visage ressemble étrangement a celui d'Ayato, une rafale d'énergie détruit le vaisseau d'Haruka.
Sauvé in extremis par Kamina Maya qui se rend compte alors que son fils Kamina Ayato n'a finalement jamais oublié son premier amour, Haruka, elle décide donc de l'aider à retrouver l'homme qu'elle aime alors qu'il lutte toujours pour s'imposer.
Une fois qu'Ayato se rend compte à quel point il aime Haruka et qu'elle lui manque tellement, il décide de faire l'effort final le menant à dominer définitivement ce combat titanesque et donc de pouvoir synchroniser le monde de nouveau, ce qui équivaut à le recréer selon sa volonté...
L'épilogue est entendu, le squelette du Xephon en peinture, Haruka et Ayato marié avec un enfant nommé Quon. La vie semble avoir reprit son court normal comme si rien ne c'était passé. Seul Ayato connaît la seule réponse importante, redessinant sans cesse la même peinture d'une jeune fille au bord de la mer sur l'île de Nirai Kanai, la ou il rencontra Mishima Haruka et ou ils se sont aimés pour la première fois...
